molární koeficient útlumu na absorpčním vrcholu YOYO-1 je téměř 105 cm-1M-1, mezi vysokými hodnotami typických organických barviv. Fluorescenční kvantový výtěžek YOYO-1 ve vodě je velmi malý (<0,1%) a tedy nefluorescentní. Po vazbě na DNA se jeho kvantový výtěžek zvyšuje >1000krát a dosahuje až 50%, mezi nejjasnějšími fluorescenčními organickými barvivy.

při světelném buzení je u Yoyo-1 v DNA pozorováno fotoblinkování a fotobleaching. Ten je také považován za příčinu fotokleaváže molekul hostitelské DNA generováním reaktivních volných radikálů.

v literatuře byly navrženy dva hlavní mechanismy, které vysvětlují, proč YOYO-1 není fluorescenční v polárních rozpouštědlech, ale je fluorescenční, když je interkalován v párech dna bází. První je intramolekulární přenos náboje a druhý je intermolekulární přenos náboje. Oba jsou stále aktivně zkoumáni, na kterém z nich dominuje.

mechanismus intramolekulárního přenosu náboje byl založen kolem roku 1980. Při světelném osvětlení ve vodě excitovaný elektron v molekule posouvá svou Pravděpodobnost přes methinovou skupinu, což umožňuje molekule otáčet se spolu s methinovou skupinou, fotoizomerizační reakcí. Tato rotace uvolňuje energii neradiativně, takže molekula není fluorescenční. Když je však YOYO-1 interkalován do párů bází DNA, uvízne a nemůže se otáčet. Molekula tak zůstává fluorescenční.

mechanismus přenosu mezimolekulárního náboje byl navržen v roce 2018. YOYO-1 je slabě vázán s molekulami polárního rozpouštědla. Když je vzrušen světlem, v molekule se vytvoří pár elektronů a děr. Díra je schopna získat další elektron z rozpouštědla, které vytvořilo záporně nabitý radikál YOYO-1 a kladně nabitý radikál v roztoku. Většinu času radikál neutralizovat navzájem velmi rychle a neradiativně. Jedná se o proces přenosu Dexterových elektronů, který potlačuje fluorescenci a vytváří rotaci molekuly YOYO-1. Jako taková je rotace produktem kalení, nikoli příčinou kalení navrženého v intramolekulárním mechanismu přenosu náboje. Existuje malá pravděpodobnost, že se radikály navzájem oddělí a difundují, což pak činí molekulu YOYO-1 citlivou na fotobleaching. Když jsou molekuly YOYO-1 interkalovány v molekule DNA, páry hydrofobních bází výrazně snižují tvorbu radikálů, protože DNA je špatný elektrický vodič. Tím je fluorescenční kalení rozpouštědlem značně sníženo. Malý počet unikajících nábojů vytváří Radikály s dlouhou životností a snižuje zadní kosti DNA, což vede k fotokleaváži DNA. Tento mechanismus byl podpořen údaji ve femtosekundové ultrarychlé přechodné absorpční spektroskopii.

Pokud intramolekulární mechanismus přenosu náboje dominuje fluorescenčnímu kalení YOYO-1 ve vodě, pak lze přidat objemný ligand, aby se zastavila nebo zpomalila rotace, aby se zvýšil jeho kvantový výtěžek ve vodě. Pokud však dominuje intermolekulární přenos náboje, lze modifikovat molekulu tak, aby zastavila přenos náboje mezi YOYO-1 a vodou buď pasivací náboje, nebo modifikací ligandu, aby posunula své redoxní potenciály.