moolinen vaimennuskerroin YOYO−1: n absorptiohuipulla on lähes 105 cm−1M-1, mikä kuuluu tyypillisten orgaanisten väriaineiden korkeisiin arvoihin. YOYO-1: n fluoresenssikvanttituotto vedessä on hyvin pieni (<0,1%) ja siten fluoresoimaton. Sitoutuessaan DNA: han sen kvanttisaanto kohoaa >1000-kertaiseksi ja saavuttaa jopa 50% kirkkaimpien fluoresoivien orgaanisten väriaineiden joukossa.

valoherätyksessä havaitaan DNA: ssa Yoyo-1: n fotoblinkingiä ja valoherkistymistä. Viimeksi mainitun uskotaan myös aiheuttavan isäntien DNA-molekyylien valokiilan tuottamalla reaktiivisia vapaita radikaaleja.

kirjallisuudessa on ehdotettu kahta päämekanismia selittämään, miksi YOYO-1 ei fluoresoi polaarisissa liuottimissa, vaan fluoresoi interkaloituessaan DNA: n emäspareissa. Ensimmäinen on intramolekulaarisen varauksen siirto ja toinen intermolekulaarisen varauksen siirto. Molempia tutkitaan edelleen aktiivisesti, kumpi dominoi.

intramolekulaaristen varausten siirtomekanismi perustettiin 1980-luvun tienoilla. Valon valaistessa vedessä molekyylin jännittynyt elektroni siirtää todennäköisyytensä metiiniryhmän yli, mikä mahdollistaa molekyylin pyörimisen metiiniryhmän mukana, fotoisomerisaatioreaktiona. Tämä kierto rentouttaa energiaa ei-radiatiivisesti, joten molekyyli ei ole fluoresoiva. Kun YOYO-1 interkaloituu DNA: n emäspareihin, se kuitenkin juuttuu eikä pysty kiertämään. Näin molekyyli pysyy fluoresoivana.

vuonna 2018 ehdotettiin intermolekulaaristen varausten siirtomekanismia. YOYO-1 sitoutuu heikosti polaarisiin liuotinmolekyyleihin. Valon vaikutuksesta molekyyliin syntyy elektroni-reikäpari. Reikä saa liuottimesta ylimääräisen elektronin, joka loi negatiivisesti varautuneen YOYO-1-radikaalin ja positiivisesti varautuneen radikaalin liuokseen. Useimmiten radikaalit neutraloivat toisensa hyvin nopeasti ja ei-radiatiivisesti. Tämä on Dexterin elektroninsiirtoprosessi, joka sammuttaa fluoresenssin ja luo Yoyo-1-molekyylin pyörimisen. Näin ollen kierto on sammumisen tuote, ei sisäisen varauksen siirtomekanismissa ehdotetun sammumisen syy. On pieni todennäköisyys, että radikaalit erottavat toisensa ja hajaantuvat pois, jolloin YOYO-1-molekyyli on altis fotobleachingille. Kun YOYO-1-molekyylit interkaloituvat DNA-molekyylissä, hydrofobiset emäsparit vähentävät huomattavasti radikaalien muodostumista, koska DNA on huono sähköjohde. Näin liuottimen aiheuttama fluoresoiva sammutus vähenee huomattavasti. Vuotavien latausten pieni määrä luo pitkäikäisiä radikaaleja ja katkaisee DNA: n selkärangat, mikä johtaa DNA: n fotoleavaioon. Femtosekunnin ultranopean ohimenevän absorptiospektroskopian tulokset tukevat tätä mekanismia.

Jos intramolekulaarinen varauksensiirtomekanismi hallitsee YOYO-1: n fluoresoivaa sammutusta vedessä, voidaan lisätä kookkaita ligandeja pyörimisen pysäyttämiseksi tai hidastamiseksi sen kvanttisyötön lisäämiseksi vedessä. Jos molekyylien välinen varauksensiirto kuitenkin vallitsee, voidaan molekyyliä muokata pysäyttämään VARAUKSENSIIRTO YOYO-1: n ja veden välillä joko varauspassivaatiolla tai ligandimuunnoksella redox-potentiaalien siirtämiseksi.