coeficientul de atenuare molară la vârful de absorbție al YOYO-1 este de aproape 105 cm−1m−1, printre valorile ridicate ale coloranților organici tipici. Randamentul cuantic de fluorescență al YOYO-1 în apă este foarte mic (<0,1%) și astfel nonfluorescent. La legarea la ADN, randamentul său cuantic crește > 1000 ori și ajunge până la 50%, printre cei mai strălucitori coloranți organici fluorescenți. sub excitație ușoară, fotoblinking și fotobleaching sunt observate pentru YOYO-1 în ADN. Acesta din urmă este, de asemenea, considerat a fi cauza fotocleavajului moleculelor ADN gazdă prin generarea de radicali liberi reactivi.două mecanisme majore au fost propuse în literatura de specialitate pentru a explica de ce YOYO-1 nu este fluorescent în solvenții polari, ci este fluorescent atunci când este intercalat în perechile de baze ADN. Primul este transferul de sarcină intramoleculară, iar al doilea este transferul de sarcină intermoleculară. Ambele sunt încă în curs de examinare în mod activ pe care unul fiind domina. mecanismul de transfer de sarcină intramoleculară a fost stabilit în jurul anilor 1980. Sub iluminarea luminii în apă, electronul excitat din moleculă își schimbă probabilitatea peste grupul metinic, ceea ce permite moleculei să se rotească împreună cu grupul metinic, o reacție de fotoizomerizare. Această rotație relaxează energia nonradiativ, astfel încât molecula nu este fluorescentă. Cu toate acestea, atunci când YOYO-1 este intercalat în perechile de baze ADN, acesta se blochează și nu se poate roti. Astfel, molecula rămâne fluorescentă. mecanismul de transfer de sarcină intermoleculară a fost propus în 2018. YOYO-1 este slab legat de moleculele de solvent polar. Când este excitat de lumină, în moleculă se creează o pereche electron-gaură. Gaura este capabilă să obțină un electron suplimentar din solventul care a creat un radical YOYO-1 încărcat negativ și un radical încărcat pozitiv în soluție. De cele mai multe ori radicalul se neutralizează reciproc foarte repede și nonradiativ. Acesta este un proces de transfer de electroni Dexter care stinge fluorescența și creează rotația moleculei YOYO-1. Ca atare, rotația este un produs al stingerii, nu cauza stingerii propuse în mecanismul de transfer de sarcină intramoleculară. Există o mică probabilitate ca radicalii să se separe reciproc și să se difuzeze, ceea ce face ca molecula YOYO-1 să fie susceptibilă la fotobleaching. Când moleculele YOYO-1 sunt intercalate în molecula ADN, perechile de baze hidrofobe reduc foarte mult formarea radicalilor, deoarece ADN-ul este un conductor electric slab. Astfel, stingerea fluorescentă de către solvent este mult redusă. Numărul mic de scurgeri de taxe creează radicali de lungă durată și taie coloana vertebrală a ADN-ului, ceea ce duce la o fotocleavaj ADN. Acest mecanism a fost susținut de datele din spectroscopia de absorbție tranzitorie ultrarapidă femtosecundă. dacă mecanismul de transfer de sarcină intramoleculară domină stingerea fluorescentă a YOYO-1 în apă, atunci se poate adăuga ligand voluminos pentru a opri sau încetini rotația pentru a-și crește randamentul cuantic în apă. Cu toate acestea, dacă transferul de sarcină intermoleculară domină, se poate modifica molecula pentru a opri transferul de sarcină între YOYO-1 și apă fie prin pasivarea sarcinii, fie prin modificarea ligandului pentru a-și schimba potențialele redox.