den molära dämpningskoefficienten vid absorptionstoppen för YOYO-1 är nästan 105 cm−1M−1, bland de höga värdena för typiska organiska färgämnen. Fluorescenskvantumutbytet av YOYO – 1 i vatten är mycket litet (<0,1%) och därmed icke-fluor. Vid bindning till DNA ökar dess kvantutbyte >1000 gånger och når upp till 50%, bland de ljusaste fluorescerande organiska färgämnena.

under ljusexcitation observeras fotoblinkning och fotoblekning för YOYO-1 i DNA. Det senare tros också vara orsaken till fotokleavaget av värd-DNA-molekylerna genom att generera reaktiva fria radikaler. två huvudmekanismer har föreslagits i litteraturen för att förklara varför YOYO-1 inte är fluorescerande i de polära lösningsmedlen utan är fluorescerande när de interkaleras i DNA-basparen. Den första är intramolekylär laddningsöverföring och den andra är intermolekylär laddningsöverföring. Båda undersöks fortfarande aktivt på vilken som dominerar. den intramolekylära laddningsöverföringsmekanismen etablerades runt 1980-talet. Under ljusbelysning i vatten skiftar den upphetsade elektronen i molekylen sin Sannolikhet över metingruppen som gör det möjligt för molekylen att rotera tillsammans med metingruppen, en fotoisomeriseringsreaktion. Denna rotation slappnar av energin icke-radiativt, så molekylen är inte fluorescerande. Men när YOYO – 1 interkaleras i DNA-basparen fastnar den och kan inte rotera. Således förblir molekylen fluorescerande. den intermolekylära laddningsöverföringsmekanismen föreslogs 2018. YOYO – 1 är svagt bunden med de polära lösningsmedelsmolekylerna. När det är upphetsat av ljus skapas ett elektronhålpar i molekylen. Hålet kan få en extra elektron från lösningsmedlet som skapade en negativt laddad YOYO-1-radikal och en positivt laddad radikal i lösningen. För det mesta neutraliserar radikalen varandra mycket snabbt och icke-radiativt. Detta är en Dexter-elektronöverföringsprocess som släcker fluorescensen och skapar rotationen av YOYO-1-molekylen. Som sådan är rotationen en produkt av släckningen, inte orsaken till släckningen som föreslås i den intramolekylära laddningsöverföringsmekanismen. Det finns en liten sannolikhet att radikalerna separerar varandra och diffunderar bort, vilket gör att YOYO-1-molekylen är mottaglig för fotoblekning. När YOYO – 1-molekylerna interkaleras i DNA-molekylen minskar de hydrofoba basparen kraftigt den radikala bildningen eftersom DNA är en dålig elektrisk ledare. Sålunda reduceras den fluorescerande släckningen av lösningsmedlet kraftigt. Det lilla antalet läckande laddningar skapar långlivade radikaler och skär DNA-ryggraden som resulterar i en DNA-fotokleavage. Denna mekanism har stödts av data i femtosekund ultrasnabb övergående absorptionsspektroskopi. om den intramolekylära laddningsöverföringsmekanismen dominerar den fluorescerande släckningen av YOYO-1 i vatten, kan man lägga till skrymmande ligand för att stoppa eller sakta ner rotationen för att öka dess kvantutbyte i vatten. Men om den intermolekylära laddningsöverföringen dominerar kan man modifiera molekylen för att stoppa laddningsöverföringen mellan YOYO-1 och vatten antingen genom laddningspassivering eller ligandmodifiering för att flytta dess redoxpotentialer.