o coeficiente de atenuação molar no pico de absorção de YOYO-1 é de quase 105 cm−1m−1, entre os altos valores de corantes orgânicos típicos. O rendimento quântico de fluorescência de YOYO-1 na água é muito pequeno (<0,1%) e, portanto, não fluorescente. Ao se ligar ao DNA, seu rendimento quântico aumenta > 1000 vezes e atinge até 50%, entre os corantes orgânicos fluorescentes mais brilhantes. sob excitação de luz, fotoblinking e fotobleaching são observados para YOYO-1 no DNA. Acredita-se também que este último seja a causa da fotocleavagem das moléculas de DNA do hospedeiro, gerando radicais livres reativos.dois mecanismos principais foram propostos na literatura para explicar por que o YOYO-1 não é fluorescente nos solventes polares, mas é fluorescente quando intercalado nos pares de bases de DNA. O primeiro é a transferência de carga intramolecular e o segundo é a transferência de carga intermolecular. Ambos ainda estão ativamente sob exame sobre qual deles está dominando. o mecanismo de transferência de carga intramolecular foi estabelecido por volta da década de 1980. Sob a iluminação da luz na água, o elétron excitado na molécula desloca sua probabilidade através do grupo metina que permite que a molécula gire junto com o grupo metina, uma reação de fotoisomerização. Essa rotação relaxa a energia de forma não radiativa, portanto, a molécula não é fluorescente. No entanto, quando YOYO-1 é intercalado nos pares de bases do DNA, ele fica preso e não pode girar. Assim, a molécula permanece fluorescente. o mecanismo de transferência de carga intermolecular foi proposto em 2018. O YOYO-1 está fracamente ligado às moléculas de solvente polar. Quando é excitado pela luz, um par elétron-buraco é criado na molécula. O buraco é capaz de obter um elétron extra do solvente que criou um radical YOYO-1 carregado negativamente e um radical carregado positivamente na solução. Na maioria das vezes, os radicais se neutralizam muito rapidamente e não radiativamente. Este é um processo de transferência de elétrons Dexter que extingue a fluorescência e cria a rotação da molécula YOYO-1. Como tal, a rotação é um produto da têmpera, não a causa da têmpera proposta no mecanismo de transferência de carga intramolecular. Há uma pequena probabilidade de que os radicais se separem e se difundam, o que torna a molécula YOYO-1 suscetível à fotobleaching. Quando as moléculas de YOYO-1 são intercaladas na molécula de DNA, os pares de bases hidrofóbicas reduzem muito a formação de radicais porque o DNA é um condutor elétrico pobre. Assim, a têmpera fluorescente pelo solvente é bastante reduzida. O pequeno número de cargas de vazamento cria radicais de longa duração e corta os backbones do DNA que resulta em uma fotocleavagem de DNA. Este mecanismo foi apoiado pelos dados na espectroscopia transiente ultrarrápida da absorção de femtosegundo.

Se o mecanismo de transferência de carga intramolecular domina a têmpera fluorescente de YOYO – 1 na água, então pode-se adicionar ligante volumoso para parar ou desacelerar a rotação para aumentar seu rendimento quântico na água. No entanto, se a transferência de carga intermolecular dominar, pode-se modificar a molécula para interromper a transferência de carga entre YOYO-1 e água por passivação de carga ou modificação de ligante para deslocar seus potenciais redox.